Просветительская и благотворительная деятельность П.И. Макушина была весьма обширна и многогранна. Её полный перечень приведен в издании с заголовком «Ко дню 80-летия П.И. Макушина. Краткий очерк его общественной деятельности (из автобиографии)». Наряду с многочисленными мероприятиями в помощь народному образованию П.И. Макушин также строил дома для бедных, учредил в Томске бесплатную лечебницу, организовал постройку общежития университета и открытие студенческой столовой.

В 1875 г. П.И. Макушин был выбран гласным Томской городской думы. Впоследствии он многократно переизбирался на эту должность, пробыв на ней в итоге десять четырехлетних сроков. В этой должности он много занимался вопросами народного образования в городе, 15 лет был председателем городской училищной комиссии.

Видя невозможность осуществить все необходимые народному образованию Томска преобразования за счёт городского бюджета, в 1882 г. он инициировал создание «Общества попечения о начальном образовании в г. Томске», девизом которого стали слова «Ни одного неграмотного». В общей массе многочисленных мероприятий общества особое место занимает открытие в Томске в 1884 г. первой в России бесплатной народной библиотеки.

Для развития книготоргового и библиотечного дела, в частности, для распространения его на сельские территории Томской губернии, где, как выяснилось после объезда П.И. Макушиным деревень Томского уезд с целью исследования спроса на книги, многие окончившие школы из-за отсутсвия книг для чтения уже через несколько лет полностью забывали грамоту, в 1901 г. по инициативе П.И. Макушина было создано «Общество содействия устройству сельских бесплатных библиотек-читален в Томской губернии».