В 1868 г. П.И. Макушин был приглашен на должность смотрителя Томского духовного училища. В этой должности он проработал около четырех с половиной лет, осуществив при этом много значимых преобразований и улучшений в деятельности училища. В мае 1873 г. он оставил службу и сосредоточился на собственных просветительских проектах, в первую очередь – на организации книжного магазина.

Для приобретения книг П.И. Макушин получил у купца В.В. Михайлова денежные средства в размере 5000 рублей при условии выплат ему половины получаемой прибыли во всё время существования магазина. Разрешение на открытие книжного магазина М.П. Макушин получил 15 ноября 1872 г. и в конце ноября, получив двухмесячный отпуск от службы в Томском духовном училище, выехал в Москву и Петербург для закупки книг. Впоследствии он совершил около 20 таких поездок, последнюю из них – уже по железной дороге.

В 1873 г., в день, который П.И. Макушин «ещё со школьной скамьи всегда считал великим днём в истории России – 19 февраля» был открыт «Сибирский книжный магазин». Первый в Сибири книжный магазин располагался в здании на Набережной реки Ушайки, где к этому времени уже существовала устроенная П.И. Макушиным библиотека. С этого времени посетители библиотеки, проходя в неё мимо витрин книжного магазина, знакомились с его ассортиментом.

В 1877 г. П.И. Макушин и В.В. Михайлов создали «Торговый дом Михайлова и Макушина», продолжая торговать книгами, а также канцелярскими товарами и детскими игрушками.